Polska bandera i podatek tonażowy: co zmienia ustawa z 2026 r. dla przedsiębiorstw żeglug…

Ustawa z 17 lipca 2026 r. ma wspierać przedsiębiorstwa żeglugowe i tworzyć warunki ich działania pod polską banderą, ale nie jest wyłącznie ustawą podatkową. Zmienia zarazem zasady dotyczące dochodów marynarzy oraz zaopatrzenia statków w leki, a przedsiębiorca rozważający podatek tonażowy musi czytać ją razem z odrębnymi regulacjami o wyborze tej formy opodatkowania, zeznaniu i ewidencji majątku.

Kontekst: ustawa o polskiej banderze ma szerszy zakres niż sam podatek

Ustawa z 17 lipca 2026 r. o zmianie niektórych ustaw w celu wsparcia przedsiębiorstw żeglugowych oraz stworzenia warunków ich funkcjonowania pod polską banderą (Dz.U. 2026 poz. 1079) zmienia pięć ustaw. Wśród nich znajduje się ustawa o podatku tonażowym, ale także ustawy o PIT, Prawie farmaceutycznym, Państwowej Komisji Badania Wypadków Morskich oraz pracy na morzu.

Już sam tytuł ustawy nie oznacza więc, że każdy jej przepis tworzy nową ulgę dla armatora albo automatycznie włącza go do podatku tonażowego. To pakiet zmian w różnych obszarach funkcjonowania żeglugi: podatkach marynarzy, dostępności leków na statkach, sprawach pracy na morzu, badaniu wypadków oraz podatku tonażowym.

W dostępnej części ustawy szczegółowo przedstawiono przede wszystkim zmiany w PIT i Prawie farmaceutycznym. Regulacje podatku tonażowego należy natomiast czytać z jego własnymi przepisami wykonawczymi: rozporządzeniem o wykazie środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych oraz rozporządzeniem o formularzach.

Co dokładnie zmienia ustawa: marynarze i zaopatrzenie statków

Szersze zwolnienie PIT dla pracy na określonych statkach

Art. 1 pkt 1 ustawy nadaje nowe brzmienie art. 21 ust. 1 pkt 23c ustawy o PIT. Przepis dotyczy zwolnienia z podatku dochodowego dochodów marynarzy uzyskanych z pracy na statkach morskich podnoszących banderę państwa Unii Europejskiej albo Europejskiego Obszaru Gospodarczego.

Ustawodawca wymienia nie tylko statki używane do przewozu ładunku lub osób w żegludze międzynarodowej. W katalogu znalazły się też statki wykorzystywane do ratownictwa pełnomorskiego, układania rurociągów, budowy lub obsługi instalacji morskich, a także kablowce, statki badawcze i dźwigi pływające.

Brzmienie przepisu jest następujące:

„dochody marynarzy uzyskane z tytułu pracy na statkach morskich podnoszących banderę państwa członkowskiego Unii Europejskiej lub państwa należącego do Europejskiego Obszaru Gospodarczego, używanych do przewozu ładunku lub osób w żegludze międzynarodowej lub wykorzystywanych do ratownictwa pełnomorskiego , układania rurociągów, do budowy lub obsługi instalacji morskich, a także będących kablowcami, statkami badawczymi lub dźwigami pływającymi”

— art. 1 pkt 1 ustawy, art. 21 ust. 1 pkt 23c ustawy o PIT

Dla przedsiębiorstwa działającego pod polską banderą istotne jest przede wszystkim to, że polska bandera jest banderą państwa UE. Nie wystarczy jednak samo zatrudnienie na statku morskim. Zwolnienie zależy od rodzaju statku i sposobu jego używania, opisanych w przepisie.

Ustawa przewiduje również wyłączenia. Dotyczą one m.in. holowników, jeżeli mniej niż 50% faktycznie wykonywanego przez nie w ciągu roku czasu pracy stanowi morski przewóz ładunku lub osób. Analogiczny próg 50% przewidziano dla pogłębiarek, ale odniesiony do transportu morskiego. Jest też szczególne wyłączenie dotyczące marynarzy niebędących obywatelami UE lub EOG na statkach świadczących regularne usługi pasażerskie między portami państw UE, w tym promach ro-ro.

Jak to działa w praktyce? Przedsiębiorstwo eksploatujące holownik nie powinno zakładać, że jego załoga zawsze spełnia warunki zwolnienia. Musi ustalić, czy co najmniej połowa faktycznego rocznego czasu pracy holownika była przewozem morskim ładunku albo osób. To kryterium operacyjne, a nie tylko formalne oznaczenie jednostki jako holownika.

Zaświadczenie może wystawić także kapitan działający za armatora

Art. 1 pkt 2 zmienia art. 21 ust. 35 ustawy o PIT. Wprost dodaje, że dokument może pochodzić nie tylko od armatora, lecz również od kapitana działającego w jego imieniu. Zaświadczenie ma zawierać informację o pracy marynarza na statku spełniającym warunki zwolnienia, razem z nazwą i banderą statku.

„informację o wykonywaniu pracy na statku spełniającym wymagania, o których mowa w ust. 1 pkt 23c, przez marynarza, którego dotyczy zaświadczenie, z podaniem nazwy i bandery statku,”

— art. 1 pkt 2 lit. b ustawy, art. 21 ust. 35 pkt 2 lit. b ustawy o PIT

W prostych słowach: dokumentacja pracownicza i podatkowa powinna pozwalać wskazać konkretną osobę, konkretny statek i jego banderę. Dla armatora oznacza to potrzebę spójnego obiegu dokumentów między działem załogowym, kapitanem i księgowością.

Leki dla statku: nowy tryb w Prawie farmaceutycznym

Art. 2 ustawy dodaje art. 37ava do Prawa farmaceutycznego. Dotyczy on armatora, który zamierza wywieźć poza terytorium Polski określone produkty lecznicze lub wyroby medyczne z wykazu objętego ograniczeniami. Przed przedstawieniem zapotrzebowania w aptece ogólnodostępnej armator ma zgłosić zamiar Głównemu Inspektorowi Farmaceutycznemu.

Organ może wnieść sprzeciw w ciągu siedmiu dni od otrzymania zgłoszenia. Jeżeli sprzeciwu nie wniesie, wydaje postanowienie o jego niewniesieniu, publikowane w BIP. Jest ono skutecznie doręczone z chwilą publikacji i zachowuje ważność przez 30 dni.

Ustawa wprowadza także do art. 96 Prawa farmaceutycznego pojęcie „zapotrzebowania armatora”, czyli zapotrzebowania wystawianego na podstawie ustawy o pracy na morzu. Zgodnie z nowym art. 96 ust. 2ea pkt 1 takie zapotrzebowanie ma być zrealizowane najpóźniej w ciągu 14 dni od wystawienia.

To praktycznie ważne dla podmiotów organizujących rejs i wyposażenie statku: proces pozyskania niektórych produktów medycznych wymaga zaplanowania nie tylko zakupów, ale też procedury zgłoszeniowej.

Podatek tonażowy: wybór formy opodatkowania nie następuje automatycznie

Podatek tonażowy to szczególna forma opodatkowania działalności żeglugowej. W dokumentach wykonawczych wyraźnie rozróżnia się działalność objętą tym podatkiem od zwykłego rozliczania podatku dochodowego.

Rozporządzenie z 9 kwietnia 2020 r. ustanawia dwa wzory dokumentów: zeznania o wysokości podatku tonażowego należnego za rok podatkowy oraz oświadczenia o wyborze opodatkowania podatkiem tonażowym.

„Określa się wzór: 1) zeznania o wysokości podatku tonażowego należnego za dany rok podatkowy, stanowiący załącznik nr 1 do rozporządzenia; 2) oświadczenia o wyborze opodatkowania podatkiem tonażowym, stanowiący załącznik nr 2 do rozporządzenia.”

— § 1 rozporządzenia z 9 kwietnia 2020 r.

To oznacza, że wybór podatku tonażowego wymaga oświadczenia na przewidzianym wzorze. Dopiero podatnicy, którzy takie oświadczenie złożyli, są wskazani w formularzu PT-2/PT-2S jako składający roczne zeznanie.

Formularz stanowiący załącznik nr 1 do rozporządzenia odsyła do art. 12 ust. 2 ustawy o podatku tonażowym i wskazuje termin złożenia zeznania: do 31 stycznia roku następującego po roku podatkowym. Zeznanie składa się do właściwego urzędu skarbowego.

W formularzu trzeba wykazać dochód z działalności, o której mowa w art. 3 ust. 1 i 2 ustawy o podatku tonażowym, podstawę opodatkowania oraz obliczony i należny podatek. Sam fakt działania w branży żeglugowej albo podnoszenia polskiej bandery nie zastępuje więc ani oświadczenia, ani rocznego zeznania.

Rozporządzenie przewiduje też przepis przejściowy dotyczący formularzy. Nowe wzory stosuje się do dochodów osiągniętych od 1 stycznia 2020 r., ale formularz użyty przed wejściem w życie rozporządzenia pozostaje prawidłowy, jeżeli wcześniej złożono na nim oświadczenie o wyborze opodatkowania podatkiem tonażowym.

Ewidencja majątku: obowiązek także przy podatku tonażowym

Przedsiębiorca żeglugowy opodatkowany podatkiem tonażowym prowadzi wykaz środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych. Środek trwały to składnik majątku używany w działalności, taki jak sprzęt lub urządzenie; wartości niematerialne i prawne to np. określone prawa lub oprogramowanie wykorzystywane w firmie.

Zgodnie z § 2 ust. 1 rozporządzenia z 21 czerwca 2013 r. wykaz ma obejmować m.in. datę nabycia, datę przyjęcia do używania, dokument nabycia, nazwę składnika, symbol Klasyfikacji Środków Trwałych, wartość początkową, stawkę amortyzacyjną oraz informacje o likwidacji lub sprzedaży.

Kluczowy jest termin wpisu:

„Wpisów dotyczących środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych dokonuje się w wykazie najpóźniej w miesiącu przyjęcia ich do używania.”

— § 2 ust. 2 rozporządzenia z 21 czerwca 2013 r.

Spóźnione wprowadzenie składnika do wykazu jest traktowane jako jego ujawnienie. To sygnał dla księgowości, aby nie odkładać wpisów do końca roku albo do chwili sporządzania zeznania.

Wykaz może być papierowy albo elektroniczny. Przy wersji elektronicznej program musi umożliwiać wydruk, a przedsiębiorca powinien do 20. dnia każdego miesiąca wydrukować zapisy dokonane w poprzednim miesiącu. Przy wykazie papierowym trzeba go zbroszurować i kolejno ponumerować karty. Jeżeli przedsiębiorca przed zmianą formy opodatkowania prowadził właściwą ewidencję środków trwałych i zawiera ona wymagane dane, może ją kontynuować jako wykaz.

Na co uważać

Największe ryzyko polega na mieszaniu trzech różnych porządków: statusu statku pod polską banderą, zwolnienia PIT marynarza oraz opodatkowania przedsiębiorcy podatkiem tonażowym. Są one powiązane gospodarczo, ale wynikają z odrębnych przepisów i wymagają osobnej dokumentacji.

W szczególności należy pamiętać, że:

zaświadczenie dla marynarza musi wskazywać nazwę i banderę statku;
dla holowników i pogłębiarek znaczenie ma faktyczny udział określonej pracy w skali roku;
wybór podatku tonażowego wymaga złożenia oświadczenia na właściwym formularzu;
roczne zeznanie PT-2/PT-2S składa się do 31 stycznia następnego roku;
wykaz środków trwałych i wartości niematerialnych trzeba aktualizować najpóźniej w miesiącu rozpoczęcia używania składnika;
przy elektronicznym wykazie konieczny jest comiesięczny wydruk dokonanych wpisów.

Co to oznacza w praktyce

Przed wyborem podatku tonażowego sprawdź formalności. Przygotuj oświadczenie o wyborze tej formy opodatkowania na wzorze określonym w rozporządzeniu z 2020 r.; samo prowadzenie działalności żeglugowej nie wystarcza.
Ustaw kalendarz podatkowy. Po złożeniu oświadczenia pamiętaj o rocznym zeznaniu PT-2/PT-2S do 31 stycznia roku następującego po roku podatkowym.
Ujednolić dokumentację floty i załóg. Nazwa i bandera statku powinny być łatwe do potwierdzenia w zaświadczeniach dla marynarzy, zwłaszcza gdy przedsiębiorstwo chce stosować zwolnienie z art. 21 ust. 1 pkt 23c ustawy o PIT.
Wprowadź kontrolę miesięczną ewidencji majątku. Każdy składnik objęty wykazem wpisuj w miesiącu przyjęcia do używania; przy systemie elektronicznym do 20. dnia następnego miesiąca wykonaj wydruk zapisów.
Zaplanuj zaopatrzenie medyczne statku z wyprzedzeniem. Jeżeli sprawa obejmuje produkty z ustawowego wykazu, uwzględnij siedmiodniowy termin na ewentualny sprzeciw Głównego Inspektora Farmaceutycznego oraz 30-dniową ważność postanowienia o niewniesieniu sprzeciwu.

Polska bandera i podatek tonażowy: co zmienia ustawa z 2026 r. dla przedsiębiorstw żeglugowych