I SA/Po 764/26

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Izabela Kucznerowicz (sprawozdawca) Sędziowie WSA Marek Sachajko WSA Michał Ilski Protokolant: starszy sekretarz sądowy Monika Zaporowska po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 30 czerwca 2026r. sprawy ze skargi K. S.A. w W. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z dnia 13 października 2025 r. nr [...] w przedmiocie odmowy wypłaty oprocentowania od zwróconych nadpłat w podatku dochodowym od osób prawnych za lata 2019-2021 I. uchyla zaskarżoną decyzję i poprzedzającą ją decyzję Naczelnika Pierwszego [...] Urzędu Skarbowego w W. z dnia 9 lipca 2025r. nr [...]; II. zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej na rzecz skarżącej Spółki kwotę 10.517,- zł (słownie: dziesięć tysięcy pięćset siedemnaście złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.

Decyzją z 13 października 2025 r., nr [...] Dyrektor Izby Administracji Skarbowej, rozpoznając odwołanie K. S.A. w P. (dalej także jako spółka, skarżąca) utrzymał w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z 09 lipca 2025 r., nr [...] [...] o odmowie wypłaty oprocentowania od zwróconych nadpłat w podatku dochodowym od osób prawnych. Obie decyzje, jak wynika z ich uzasadnień oraz akt sprawy, zostały wydane w następujących okolicznościach faktycznych i prawnych. Na wniosek spółki z 8 maja 2019 r. Szef KAS wydał 19 stycznia 2023 r. jednostronne uprzednie porozumienie cenowe dotyczące transakcji kontrolowanych (dalej także jako decyzja APA) polegającej na: 1) zakupie usług wsparcia w zakresie transakcji dotyczącej usług o niskiej wartości dodanej oraz 2) zakupie usług wsparcie w zakresie transakcji dotyczącej usług niebędących usługami o niskiej wartości dodanej świadczonych przez [...] s.r.o. na rzecz Spółki, obejmująca okres od 1.01.2019 r. do 31.12.2023 r. Tym samym Szef KAS potwierdził, że warunki transakcji pomiędzy spółką a podmiotem powiązanym odpowiadają warunkom rynkowym. Oznacza to, że ograniczenie z art. 15 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz.U. z 1992 r., Nr 21, poz. 86 ze zm., dalej: "u.p.d.o.p."), nie ma zastosowania do kosztów objętych decyzją APA. Pismem z 27 marca 2023 r. spółka zwróciła się do Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z wnioskiem o zaliczenie nadpłaty podatku dochodowego od osób prawnych wynikającej z korekt deklaracji podatkowych CIT-8 za lata podatkowe 2019, 2020 i 2021 w kwocie 17.732.357 zł na poczet bieżących zobowiązań podatkowych w podatku od towarów i usług. Do ww. wniosku spółka załączyła m.in. kopie złożonych korekt zeznań CIT-8 za lata 2019-2021 oraz kopię decyzji Szefa Krajowej Administracji Skarbowej z 19 stycznia 2023 r., w sprawie uprzedniego porozumienia cenowego. Naczelnik US zaliczył powstałą nadpłatę w podatku dochodowym od osób prawnych w łącznej kwocie 17.763.467 zł (bez należnego oprocentowania) na poczet zobowiązań podatkowych w podatku od towarów i usług za maj 2023 r. Nadpłata za 2019 r. zaliczona została 25 maja 2023 r., a nadpłata za 2020 r. i 2021 r. zaliczona została 20 czerwca 2023 r., w trybie przewidzianym w art. 75 § 4 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2025 r., poz. 111 ze zm., dalej: "O.p."), tj. bez wydawania decyzji stwierdzającej nadpłatę. Ponadto zaliczenie nadpłaty za 2019 r. we wnioskowanej kwocie nastąpiło w terminie, o którym mowa wart. 77 § 1 pkt 6 O.p., tj. w terminie dwóch miesięcy od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz ze skorygowanym zeznaniem. Natomiast zaliczenie nadpłaty za lata 2020-2021 nastąpiło 20 czerwca 2023 r., z uwagi na wystosowanie do spółki kolejnego wezwania (z 26 maja 2023 r.) o wyjaśnienia i dodatkowe dokumenty. Następnie pismem z 7 maja 2025 r. Spółka, działając na podstawie art. 80 § 1, art. 78a oraz art. 78 § 1, § 3 pkt 3a i § 4 O.p. w związku z art. 49 (zakaz ograniczania swobody przedsiębiorczości) oraz art. 56 (zakaz ograniczania swobody świadczenia usług) Traktatu o Funkcjonowaniu Unii Europejskiej (Dz. Urz. UE C 202 z 2016 r., dalej: TFUE) wystąpiła do Naczelnika US z wnioskiem o zwrot niezwróconej części nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za następujące okresy: - od 1 stycznia 2019 r. do 31 grudnia 2019 r. w wysokości 2.424.018 zł, - od 1 stycznia 2020 r. do 31 grudnia 2020 r. w wysokości 100.158 zł, - od 1 stycznia 2021 r. do 31 grudnia 2021 r. w wysokości 960.816 zł - łącznie w kwocie 3.484.992 zł wraz z oprocentowaniem. W uzasadnieniu wniosku spółka podniosła, że dokonując rozliczenia podatku dochodowego od osób prawnych za lata 2019-2021 stosowała się do obowiązującego do 31 grudnia 2021 r. przepisu art. 15e u.p.d.o.p. W konsekwencji, stosując się do tego przepisu spółka rozpoznawała koszty nabycia usług wsparcia od podmiotu powiązanego w wysokości przekraczającej ustawowo dopuszczalny próg jako koszty niestanowiące kosztów uzyskania przychodu. Wartość wyłączonych kosztów wynosiła: w 2019 r. - 51.602.395,53 zł, w 2020 r. - 2.745.652,66 zł, w 2021 r. - 36.261.977,06 zł. Wskazaną na wstępie uzasadnienia decyzją z 9 lipca 2025 r. Naczelnik US odmówił spółce wypłaty oprocentowania od zwróconych, na wniosek z 27 marca 2023 r., nadpłat w podatku dochodowym od osób prawnych za lata 2019-2021 w łącznej kwocie 17.184.794 zł, w tym za 2019 r. w kwocie 9.804.455 zł, za 2020 r. w kwocie 490.564 zł, za 2021 r. w kwocie 6.889.775 zł, powstałych w związku z zaliczeniem do kosztów uzyskania przychodów wydatków na nabycie usług świadczonych przez podmiot powiązany. Naczelnik stwierdził, że skoro niezgodność art. 15e u.p.d.o.p. z prawem unijnym nie została stwierdzona odpowiednim orzeczeniem Trybunału Konstytucyjnego bądź Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, to on nie ma podstaw prawnych do zastosowania art. 78 § 5 u.p.d.o.p. Jednocześnie Naczelnik stwierdził, że nawet gdyby stwierdził oczywistą sprzeczność art. 15e u.p.d.o.p., nie miałby możliwości prawotwórczej modyfikacji przepisów O.p. regulujących kwestie wypłaty oprocentowania, w celu przyznania spółce oprocentowania nadpłaty powstałej wskutek tej sprzeczności. Takiej modyfikacji może dokonać dopiero sąd administracyjny. W odwołaniu skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji w całości i orzeczenie co do istoty sprawy poprzez uwzględnienie wniosku. Spółka stoi na stanowisku, że art. 15e u.p.d.o.p., jest niezgodny z prawem unijnym w zakresie w jakim przyznaje możliwość zaliczenia kosztów usług niematerialnych, ponoszonych na rzecz podmiotów powiązanych, do kosztów uzyskania przychodu wyłącznie spółkom z podatkowej grupy kapitałowej. W związku z powyższym uważa, że przysługuje jej oprocentowanie nadpłaty na zasadach przewidzianych dla nadpłat wynikających z orzeczenia TSUE, tj. za cały okres w którym pozbawiona została prawa dysponowania środkami pieniężnymi w wyniku zapłaty podatku na podstawie przepisów prawa krajowego niezgodnych z prawem Unii Europejskiej. Zgodnie bowiem z art. 78 § 3 pkt 3a o.p. oprocentowanie przysługuje od dnia powstania nadpłaty do dnia jej zwrotu – zgodnie z art. 78 § 4 O.p.). Dyrektor Izby Administracji Skarbowej opisaną na wstępie decyzją z 13 października 2025 r. utrzymał w mocy decyzję organu I instancji z 9 lipca 2025 r. W ocenie organu odwoławczego wskutek wniesienia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz ze skorygowanym zeznaniem, Naczelnik US podjął prawidłowe działania zmierzające do ustalenia stanu faktycznego w zakresie niezbędnym do stwierdzenia prawidłowości dokonanego rozliczenia. W związku z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za lata 2019 – 2021 Naczelnik wezwał spółkę do złożenia dodatkowych wyjaśnień i dokumentów. Nadpłata za 2019 r. zaliczona została 25 maja 2023 r. na poczet podatku od towarów i usług za maj 2023 r., tj. w terminie, o którym mowa w art. 77 § 1 pkt 6 O.p. Naczelnik nie był jednak w stanie rozpoznać wniosku za 2020 r. i 2021 r. i dokonać zwrotu nadpłaty w terminie dwóch miesięcy. Do wniosku nie były bowiem dołączone dokumenty niezbędne do stwierdzenia nadpłaty, a strona w pełni uzupełniła wniosek dopiero 2 czerwca 2023 r., zatem już po upływie terminu określonego w art. 78 § 3 pkt 3 lit. c) O.p. Nadpłata podatku dochodowego od osób prawnych za lata 2019-2021 zaliczona przez organ pierwszej instancji na poczet podatku od towarów i usług w pełni pokrywała się z kwotą zawnioskowaną przez Spółkę. Zwrot nadpłaty dokonany został w trybie przewidzianym w art. 75 § 4 O.p., tj. bez wydawania decyzji stwierdzającej nadpłatę. Zdaniem organu odwoławczego nie ma natomiast podstaw prawnych żądanie oprocentowania nadpłaty podatku dochodowego, z uwagi na twierdzenie, że art. 15e ust. 1 i ust. 14 u.p.d.o.p. jest niezgodny z prawem Unii Europejskiej. Organ wyjaśnił, że brzmienie art. 78 § 3 wskazuje na katalog oprocentowania nadpłat oraz ściśle określony sposób ich naliczania w zależności od przyczyn powstania i terminów dokonania zwrotów nadpłaty. Oprocentowaniem objęte zostały m.in. nadpłaty powstałe w związku ze skorygowaniem zeznania. Ustawodawca nie przewidział odrębnego sposobu naliczania oprocentowania w przypadku nadpłaty powstałej w konsekwencji korekty zeznania, w związku z decyzją APA, w której potwierdzono rynkowy charakter transakcji, poprzez uwzględnianie w kosztach uzyskania przychodów wydatków uprzednio z nich wyłączonych na podstawie art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p. Organ wyjaśnił, że art. 15e u.p.d.o.p. został uchylony ustawą z dnia 29 października 2021 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych oraz niektórych innych ustaw (t.j. Dz.U. z 2021 r., poz. 2105). Z uzasadnienia do projektu ww. ustawy z dnia 29 października 2021 r. (Sejm R. P. IX kadencji, druk nr [...]) nie wynika, aby jego uchylenie było wyrazem uznania niezgodności tej regulacji z prawem wspólnotowym. Ponadto problematyka zgodności art. 15e u.p.d.o.p. z prawem wspólnotowym nie była dotychczas przedmiotem rozważań krajowych sądów administracyjnych. W ocenie organu odwoławczego w przypadku, gdy sprzeczność prawa krajowego z prawem wspólnotowym nie została stwierdzona wyrokiem TSUE, nie została potwierdzona nowelizacją prawa krajowego, ani też nie została stwierdzona przez sąd krajowy, a jej istnienie nie jest oczywiste, stosownie do art. 120 O.p., organy podatkowe zobowiązane były do oceny rozpatrywanej sprawy w kontekście krajowych przepisów prawa. Odnośnie zarzutu sprzeczności art. 15e u.p.d.o.p. z prawem unijnym, organ odwoławczy wskazał, że przepisem, w którym pojawia się aspekt naruszenia prawa wspólnotowego (unijnego) jest art. 74 O.p. W powiązaniu z tym przepisem pozostaje również art. 77 § 1 pkt 4 i 4a O.p. Przepisy te odnoszą się do nadpłaty powstałej w wyniku orzeczenia TSUE. Jednak w okolicznościach rozpatrywanej sprawy nadpłata nie powstała wskutek orzeczenia TSUE, które skutkowałoby wyeliminowaniem niezgodnej z prawem wspólnotowym wykładni prawa krajowego, która wcześniej uniemożliwiła stosowanie prawa zgodnie z prawem unijnym. Nadto za takie nie można uznać - w ocenie organu odwoławczego - wyroku z 20 stycznia 2021 r. w sprawie C- 484/19, który odnosi się do zagranicznych przepisów ograniczających możliwość odliczenia przez spółkę [...] odsetek zapłaconych należącej do tej samej grupy spółce [...]. Organ podkreślił, że w krajowym porządku prawnym warunkiem stwierdzenia nadpłaty podatku jest złożenie przez podatnika wniosku o stwierdzenie nadpłaty, a jeżeli z przepisów prawa podatkowego wynika obowiązek złożenia zeznania (deklaracji), to podatnik równocześnie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty jest obowiązany złożyć skorygowane zeznanie (deklarację). O ile decyzja APA może stanowić podstawę powstania nadpłaty, o tyle - jeżeli podatnik nie skoryguje zeznania i nie złoży wniosku o stwierdzenie nadpłaty - decyzja APA nie rodzi po stronie organów podatkowych obowiązku stwierdzenia nadpłaty. Przepis art. 78 O.p. w sposób wyczerpujący precyzuje terminy początkowe i końcowe naliczania należnego oprocentowania uzależniając moment początkowy naliczania oprocentowania m.in. złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Zatem w rozumieniu przepisów regulujących kwestie nadpłat i ich oprocentowania, okoliczności związane z wydaniem decyzji APA, w tym długość trwania takiego postępowania, nie mogą stanowić o początkowej dacie oprocentowana nadpłaty. Organ wskazał również, że funkcją decyzji APA nie jest określanie kosztów uzyskania przychodów oraz nie jest określenie podstawy opodatkowania. W trakcie postępowania APA nie można zbadać zasadności ponoszenia danych kosztów, gdyż nie ma możliwości określenia związku kosztów z przychodami. Takie badanie może być przeprowadzone wyłącznie następczo. Zdaniem organu art. 78 § 3 O.p. nie miał zastosowania w przedmiotowej sprawie, bowiem zwrot nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2019 r. nastąpił w terminie 2 miesięcy od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz ze skorygowanym zeznaniem podatkowym, natomiast zwrot nadpłaty za lata 2020-2021 nastąpił wprawdzie po upływie 2 miesięcy, ale do tego przyczyniła się strona, a nie organ pierwszej instancji. Zdaniem organu sytuacja zaistniała w rozpatrywanej sprawie nie odpowiada żadnemu ze zdarzeń wskazanych w art. 78 § 3 O.p., od których powstania ustawodawca uzależnił oprocentowanie nadpłaty. W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu skarżąca, zastępowana przez pełnomocnika, wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji oraz zasądzenie zwrotu kosztów postępowania i rozpoznanie sprawy na rozprawie. Zaskarżonej decyzji zarzucono: I. naruszenie przepisów postępowania, mające istotny wpływ na wynik sprawy, tj. a. art. 120 O.p. w zw. z art. 7 oraz art. 91 ust. 3 Konstytucji RP, poprzez prowadzenie postępowania w sprzeczności z zasadą legalizmu i praworządności polegające na nieuzasadnionym zastosowaniu przepisu prawa krajowego (art. 15e ust. 1 i ust. 14 u.p.d.o.p. w brzmieniu obowiązującym w okresie od 1 stycznia 2019 r. do 31 grudnia 2021 r.) niezgodnego z przepisem prawa Unii Europejskiej - pomimo tego, że w przypadku kolizji przepisów prawa Unii Europejskiej z przepisami krajowymi, organy krajowe powinny odmówić zastosowania przepisów krajowych na rzecz bezpośrednio stosowanych przepisów prawa Unii Europejskiej; b. art. 124 O.p. w zw. z art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 O.p., poprzez sporządzenie wadliwego uzasadnienia decyzji polegającego na braku odniesienia się przez organ do argumentacji przedstawionej w odwołaniu, że art. 15e ust. 1 i art. 15e ust. 14 u.p.d.o.p. w zakresie, w jakim ograniczał możliwości zaliczenia kosztów ponoszonych na rzecz podmiotów powiązanych do KUP z wyłączeniem spółek z podatkowej grupy kapitałowej, naruszał unijną swobodę przedsiębiorczości; II. naruszenie przepisów prawa materialnego, tj. a. art. 15e ust. 1 i art. 15e ust. 14 u.p.d.o.p. (w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2019 r. do 31 grudnia 2021 r.) w zw. z art. 49 i art. 56 TFUE, poprzez błędną wykładnię i uznanie, że krajowe przepisy przyznające możliwość zaliczenia kosztów usług niematerialnych, ponoszonych na rzecz podmiotów powiązanych, do kosztów uzyskania przychodu, wyłącznie spółkom z podatkowej grupy kapitałowej, a więc wyłącznie spółkom z siedzibą w kraju, są zgodne z przepisami prawa Unii Europejskiej, podczas gdy wskazane przepisy krajowe naruszają zakaz ograniczania swobody przedsiębiorczości i swobody świadczenia usług; b. art. 15e ust. 15 i art. 15e ust. 16 u.p.d.o.p. (w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2019 r. do 31 grudnia 2021 r.), poprzez błędną wykładnię i uznanie, że przyznanie możliwości rozliczenia kosztów objętych limitowaniem po uzyskaniu decyzji w sprawie porozumień cenowych wyklucza możliwość uznania przepisów wprowadzających ograniczenie w rozliczeniu kosztów za niezgodne z przepisami prawa Unii Europejskiej, podczas gdy przepisy te wyłącznie potwierdzają, że rozliczenie kosztów ponoszonych na rzecz podmiotów powiązanych jest objęte ograniczeniami, a wyjątkowa możliwość ich rozliczenia uwarunkowania jest koniecznością odrębnego uzyskania decyzji w sprawie porozumień cenowych; c. art. 15e ust. 1 i art. 15e ust. 14 u.p.d.o.p. (w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2019 r. do 31 grudnia 2021 r.) w zw. z art. 32 ust. 1 i 2 w zw. z art. 64 ust. 1 i 2 w zw. z art. 20 i w zw. z art. 7 Konstytucji RP poprzez zastosowanie w sprawie art. 15e ust. 1 i ust. 14 u.p.d.o.p., pomimo że przepisy te przyznawały możliwość zaliczenia kosztów usług niematerialnych ponoszonych na rzecz podmiotów powiązanych do kosztów uzyskania przychodu wyłącznie spółkom z podatkowej grupy kapitałowej, a więc wyłącznie spółkom z siedzibą w kraju, pomimo że są one niezgodne z wyrażoną w Konstytucji RP zasadą równości w kontekście prawa własności, konstytucyjnym zakazem dyskryminacji, zapewnioną w Konstytucji RP swobodą działalności gospodarczej oraz zasadą legalizmu z uwagi na to, że wprowadzają nieuzasadnione zróżnicowanie podmiotów pozostających w podobnej sytuacji wbrew wskazanym zasadom konstytucyjnym; d. art. 74 O.p. w zw. z art. 78 § 3 pkt 3a i art. 78 § 4 O.p. w zw. z art. 1 pkt 1 oraz art. 4 Ustawy Nowelizującej, poprzez błędną wykładnię i uznanie, że organ nie mógł zastosować w drodze analogii przepisów o oprocentowaniu nadpłaty właściwych dla nadpłaty powstałej w wyniku orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (dalej: "TSUE"), podczas gdy przepisy te znajdują zastosowanie również w przypadku, gdy orzeczenie TSUE nie dotyczy sprawy rozpatrywanej, lecz sprawy analogicznej; e. a w konsekwencji art. 78 § 1, art. 78 § 3 pkt 3a i art. 78 § 4 O.p., poprzez odmowę wypłaty oprocentowania od zwróconych nadpłat zgodnie z wnioskiem Spółki. W odpowiedzi na skargę organ wniósł o oddalenie skargi, podtrzymując stanowisko zawarte w zaskarżonej decyzji. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu zważył, co następuje. Zaskarżona decyzja podlega uchyleniu. Przede wszystkim należy stwierdzić, że sytuacja mająca miejsce w kontrolowanej sprawie nie odpowiada żadnemu ze zdarzeń, od powstania których ustawodawca uzależnił oprocentowanie nadpłaty. Co słusznie zaznaczył Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w zaskarżonej decyzji, ale co nie oznacza, że obie decyzje wydane w sprawie są zgodne z prawem. Zgodnie z art. 72 § pkt 1 O.p. za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. Na równi z nadpłatą traktuje się część wpłaty, która została zaliczona na poczet odsetek za zwłokę, jeżeli wpłata ta dotyczyła zaległości podatkowej (art. 72 § 2 pkt 1 O.p.) Na podstawie art. 73 § 1 pkt 1 O.p. nadpłata powstaje z dniem zapłaty przez podatnika podatku nienależnego lub w wysokości większej od należnej. Z kolei w przepisach art. 78 § 3 O.p. ustawodawca określił przypadki, w których przysługuje oprocentowanie nadpłat podatku w związku z wyeliminowaniem z obrotu prawnego orzeczeń, na podstawie których pobrano podatek i uczynił to przez odwołanie się do sytuacji wskazanych w art. 77 O.p. Stosownie do art. 78 § 3 pkt 3 lit. b) O.p. oprocentowanie przysługuje, jeżeli decyzja stwierdzająca nadpłatę nie została wydana w terminie 2 miesięcy od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty - chyba, że do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się podatnik, płatnik lub inkasent. W takim to przypadku termin zwrotu podatku określony został w art. 77 § 1 pkt 6 lit. a), który wskazuje na okres 2 miesięcy od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz ze skorygowanym zeznaniem (deklaracją) w przypadkach, o których mowa w art. 75 § 3 tej ustawy. Z przywołanych przepisów wynika, że w przypadku stwierdzenia sprzeczności z prawem lub nieważności decyzji wymiarowej przez Sąd, oprocentowanie należne jest od dnia powstania nadpłaty. Podatnik otrzymując wówczas oprocentowanie nadpłaty – za okres liczony od dnia jej powstania, a więc od momentu pozbawienia go możliwości dysponowania własnymi środkami pieniężnymi – uzyskuje je bez względu na wysokość poniesionej szkody (tej w znaczeniu prawa cywilnego). W kontrolowanej sprawie poza sporem jest, że Szef KAS po długotrwałym postępowaniu wydał decyzję APA po czym, na skutek złożonego przez skarżącą wniosku o stwierdzenie nadpłaty - już bez wydawania decyzji - dokonał zwrotu powstałej nadpłaty. Choć po stronie spółki wystąpiła nadpłata, organ odmówił spółce wypłaty oprocentowania niekwestionowanej przez siebie nadpłaty podatku, gdyż przepisy art. 78 O.p. expressis verbis nie przewidują oprocentowania nadpłat powstałych w wyniku długotrwałego procedowania wniosku o wydanie decyzji APA. Skład orzekający w niniejszej sprawie podziela pogląd Naczelnego Sądu Administracyjnego (wyroki z dnia 04 marca 2026 r.: II FSK 1026/25, II FSK 1022/25 i II FSK 1332/25, dostępne w Centralnej Bazie Orzeczeń i Informacji o Sprawach na stronie internetowej Naczelnego Sądu Administracyjnego, dalej jako CBOSA), że argumentacja wskazująca na odmienny charakter prawny wydawanych aktów nie może być uzasadnieniem dla różnicowania tych sytuacji. Fakt, że ustawa - Ordynacja podatkowa nie określa terminu zwrotu oprocentowania wskutek długoterminowego opóźnienia w wydaniu decyzji APA nie oznacza w żadnym razie, że takie oprocentowanie nie powinno zostać podatnikowi przyznane (zgodnie z art. 78 § 3 O.p.). Jak już wyżej wskazano, treść art. 78 § 3 w zw. z art. 77 § 1 O.p. wskazuje na katalog oprocentowania nadpłat oraz ściśle określonych sposobów ich naliczania, w zależności od konkretnych przyczyn ich powstania i terminów dokonania zwrotów nadpłaty. Regulacja ta nie wskazuje na oprocentowanie nadpłaty powstałej w konsekwencji wydania decyzji APA z przekroczeniem terminu zakreślonego w art. 97 pkt 1 ustawy z dnia 16 października 2019 r. o rozstrzyganiu sporów dotyczących podwójnego opodatkowania oraz zawieraniu uprzednich porozumień cenowych (Dz. U. z 2019 r., poz. 2200 z późn. zm.-dalej ustawa DRM), w którym to przepisie zastrzeżono, że postępowanie w sprawie wydania jednostronnego uprzedniego porozumienia cenowego powinno być zakończone bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu 6 miesięcy od dnia jego wszczęcia. Niemniej jednak w art. 78 § 3 i w art. 77 § 1 O.p. przewidziano oprocentowanie nadpłaty od dnia jej powstania, w przypadku zmiany, uchylenia albo stwierdzenia nieważności decyzji. Oprocentowaniu podlegają nadpłaty jedynie w ściśle określonych sytuacjach, związanych m.in. z podważeniem decyzji organu podatkowego, przekroczeniem przez ten organ terminu wydania decyzji stwierdzającej nadpłatę, terminu zwrotu nadpłaty lub też z wydaniem orzeczenia przez Trybunał Konstytucyjny i Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. Oznacza to, że nie wszystkie nadpłaty korzystają z oprocentowania. Odrębności w ukształtowaniu zasad oprocentowania nadpłat są uzależnione od sposobu ich powstania oraz od realizacji przez organ podatkowy obowiązku zwrotu. W typowych sytuacjach, np. wykazania nadpłaty w zeznaniu na podatek dochodowy co do zasady nie podlega ona oprocentowaniu, chyba że organ podatkowy nie zwróci jej w terminie. Podobnie jest przy samodzielnym wyliczaniu i opłacaniu podatku przez podatnika w deklaracjach. Skład orzekający w niniejszej sprawie podziela stanowisko wyrażone przez NSA w ww. wyrokach, że brak regulacji dotyczącej terminu zwrotu omawianej nadpłaty w art. 77 O.p. i okresu naliczania oprocentowania w art. 78 § 3-5 O.p. wskutek wydania opóźnionej decyzji APA – nie neguje istnienia uprawnień podatnika do oprocentowanie nadpłaty, tak jak w przypadku wadliwego samoobliczenia podatku przez podatnika. Co bowiem istotne, to wyłącznie wskutek działania organów podatkowych podatnik pozbawiony był możliwości korzystania ze swoich środków. Podatnik otrzymując oprocentowanie nadpłaty - liczone od dnia jej powstania, a więc od momentu pozbawienia go możliwości dysponowania własnymi środkami pieniężnymi – uzyskuje je bez względu na wysokość poniesionej szkody (tej w znaczeniu prawa cywilnego). Ponadto, należy zwrócić uwagę, iż Naczelny Sąd Administracyjny orzekał także w sprawach, w których osią sporu była kwestia oprocentowania nadpłaty w podatku powstałej wskutek zastosowania się strony do wadliwej interpretacji podatkowej organu (por. m.in. wyroki NSA: z 04 września 2024 r., II FSK 1441/21; z 05 czerwca 2024 r., II FSK 1135/21; z 05 marca 2024 r., II FSK 1473/23; z 20 kwietnia 2023 r., II FSK 2587/20; z 01 czerwca 2022 r., II FSK 2683/19; z 05 października 2021 r., II FSK 408/19; z 20 stycznia 2015 r., I FSK 2050/13; CBOSA). Wnioski zawarte ww. wyrokach potwierdzają, że nadpłata powstała w wyniku zastosowania się do uchylonej następnie interpretacji indywidualnej podlega - w drodze analogii - oprocentowaniu od nadpłaty na podstawie art. 78 § 3 pkt 1 O.p. Z orzeczeń tych wynika, że zaistniała sytuacja stanowi niezgodną z porządkiem konstytucyjnym lukę w przepisach, którą - w celu urzeczywistnienia tzw. zasady nieszkodzenia, wyrażonej w art. 14k §1 O.p. - należy uznać za możliwą do usunięcia per analogiam legis. Z kolei w wyroku z 05 marca 2025 r., II FSK 1574/24 (CBOSA) Naczelny Sąd Administracyjny zauważył, że brak jest racjonalnych podstaw do różnicowania podatników w zakresie ich prawa do jednakowego sposobu liczenia oprocentowania nadpłaty, wyłącznie w zależności od tego, w oparciu o jaki wadliwie podjęty przez organ akt dokonali nienależnej wpłaty podatku. Na tych podstawach Naczelny Sąd Administracyjny zasadnie stwierdził w przywołanych wyrokach z 04 marca 2026 r., że brak wskazania wprost w art. 78 § 3 O.p., że oprocentowanie nadpłaty przysługuje od dnia jej powstania również w omawianym przypadku, stanowi niezgodną z porządkiem konstytucyjnym lukę w przepisach. Lukę tę należy wypełnić w drodze wykładni. Luka ta, zważywszy na jej wyraźny związek z preferowanym przez ustawodawcę systemem wartości, ma charakter luki aksjologicznej i jako taka podlega usunięciu w procesie stosowania prawa przez wnioskowanie z analogii legis. NSA przyjął, że w demokratycznym państwie prawnym, o którym stanowi art. 2 Konstytucji, jednostka (a zatem - podatnik) nie może ponosić konsekwencji błędów i zaniedbań prawodawcy, w tym zwłaszcza takich, które powodują lukę w prawie naruszającą podstawowe zasady porządku konstytucyjnego. Lukę taką w wyjątkowych przypadkach wypełnić można w drodze analogii. Brak przepisu wyłączającego analogię z procesu interpretacji i stosowania materialnego prawa podatkowego sprawia, że na zasadzie wyjątku można posłużyć się tą metodą dla usunięcia ewidentnych naruszeń porządku konstytucyjnego. W zakresie zobowiązań podatkowych zasadę tę urzeczywistniają przepisy art. 77 i art. 78 O.p. nakazujące zwrot nadpłaconych podatków w przepisanych terminach oraz wypłatę oprocentowania od nadpłat podatków. Oceniając te przepisy należy zauważyć, że przyczyną ich wprowadzenia do ustawy – Ordynacja podatkowa była konieczność zapewnienia możliwości odzyskania kwot zapłaconych nienależnie z tytułu zobowiązań podatkowych wraz z odsetkami, jeżeli do powstania nadpłaty lub opóźnienia w jej zwrocie przyczyniły się organy podatkowe. Mając na względzie te racje uzasadniające wprowadzenie powołanych regulacji, należało stwierdzić, że uzasadniają one w pełni objęcie nakazem wypłaty odsetek także te nadpłaty, które powstały wskutek wydania po ustawowym terminie decyzji APA. Przyjęcie za zasadne stanowiska odmiennego prowadziłoby do wniosku, że prawo do oprocentowania nadpłaty podatku uzależnione jest jedynie od rodzaju aktu administracyjnego, na postawie którego pobrano nienależne kwoty. Skład orzekający w niniejszej sprawie podziela i to stanowisko NSA, że właściwe jest przyznanie oprocentowania od chwili złożenia wniosku o wszczęcie procedury wydawania APA i blokady rozliczania kosztów uzyskania przychodów. Z kolei ograniczenie okresu końcowego naliczania oprocentowania – do chwili wydania decyzji APA. Z chwilą bowiem uzyskania decyzji APA podatnik posiadał już niezbędne uprawnienia procesowe do ubiegania się o zwrot nadpłaty wraz ze stosownym oprocentowaniem. Skład orzekający Naczelnego Sądu Administracyjnego w ww. wyrokach z 04 marca 2026 r. podkreślił postanowienia art. 77 w związku z art. 8 ust. 2 Konstytucji, że jednym ze standardów demokratycznego państwa prawnego jest to, że każdy ma prawo do wynagrodzenia szkody, jaka została mu wyrządzona przez niezgodne z prawem działanie organów publicznych i żadna ustawa nie może nikomu zamykać drogi sądowej dochodzenia naruszonych przez tą władzę praw jednostki. Zgodnie z powyższym przepisem art. 77 ust. 1 Konstytucji władze publiczne (w tym organy podatkowe) są obowiązane wyrównać obywatelowi szkodę materialną, powstałą na skutek nich niezgodnego z prawem działania. Natomiast z art. 2 Konstytucji, wyrażającego zasadę demokratycznego państwa prawnego wywodzone są również zasady prawidłowej (przyzwoitej) legislacji, które nakazują, aby przepisy formułowane były w sposób poprawny, jasny i precyzyjny, zwłaszcza wówczas, gdy dotyczą praw i wolności jednostki (zob. Trybunał Konstytucyjny w sprawach – K 7/99 i K 24/00). Ponadto zauważył, że także zasada zaufania do organów podatkowych (art. 121 O.p.) jest zakorzeniona w normach konstytucyjnych. Zgodnie z art. 32 Konstytucji dopuszczalna konstytucyjnie jest sytuacja, w której zróżnicowanie nastąpi w obrębie grupy osób znajdujących się w takiej samej sytuacji. Jest to możliwe ze względu na konieczność realizacji zasad konstytucyjnych, o ile ograniczenie zasady równości dokonywane jest z zachowaniem zasady proporcjonalności. Ograniczenie dokonane jest za pomocą środka przydatnego do realizacji zasady konstytucyjnej usprawiedliwiającej to ograniczenie, środek ten jest konieczny, czyli nie ingeruje nadmiernie w równość, oraz zachowana jest proporcjonalność sensu stricto. Wprowadzone zróżnicowanie musi mieć zatem charakter racjonalnie uzasadniony, a kryterium zróżnicowania pozostawać w odpowiedniej proporcji do wagi interesów, które zostają naruszone w wyniku nierównego traktowania podmiotów podobnych. Musi ponadto pozostawać w związku z zasadami, wartościami i normami konstytucyjnymi uzasadniającymi odmienne traktowanie podmiotów podobnych. Wszelkie odstępstwa od nakazu równego traktowania podmiotów podobnych muszą zawsze znajdować podstawę w odpowiednio przekonujących argumentach (por. wyroki Trybunału Konstytucyjnego: z 23 listopada 2010 r., K 5/10, OTK-A 2010 Nr 9, poz. 106; z 19 kwietnia 2011 r., P 41/09, OTK-A 2011 Nr 3, poz. 25; z 18 czerwca 2013 r., K 37/12, OTK-A 2013 Nr 5, poz. 60; z 5 listopada 2013 r., K 40/12, OTK-A 2013 Nr 8, poz. 120 i z 17 czerwca 2014 r., P 6/12, OTK-A 2014 Nr 6, poz. 62; P. Tuleja, Konstytucja R. P., Komentarz wyd. II, WKP 2023). Mając powyższe na uwadze, argumentacja organów podatkowych dotycząca braku podstaw prawnych do wypłaty oprocentowania należnego skarżącej spółce – jest wadliwa. Odnosząc się do zarzutów skargi w zakresie prawa do oprocentowania nadpłaty z uwagi na niezgodność regulacji art. 15e u.p.d.o.p. z normami wyższego rzędu i dyskryminującego charakteru tej regulacji w świetle prawa unijnego Sąd uznał, że analiza powyższego zarzutu w świetle przyjętego rozstrzygnięcia oraz przedmiotu sprawy w przedmiocie oprocentowania nadpłaty była niecelowa i nieuzasadniona. Ponownie rozpoznając sprawę organy uwzględnią powyższe uwagi Sądu. W związku z tym, Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i art. 135 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2026 r. poz. 143; dalej: "P.p.s.a."), orzekł jak w punkcie I sentencji wyroku. O kosztach postępowania sądowego orzeczono na podstawie art. 200 i art. 205 § 2 P.p.s.a., jak w punkcie II sentencji wyroku.