I SAB/Rz 15/26

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie w składzie następującym: Przewodniczący S. WSA Małgorzata Niedobylska, Sędzia WSA Grzegorz Panek /spr./, Sędzia WSA Piotr Popek, po rozpoznaniu w trybie uproszczonym na posiedzeniu niejawnym w dniu 21 kwietnia 2026 r. sprawy ze skargi S. S.A. z siedzibą w W. na bezczynność Naczelnika Podkarpackiego Urzędu Celno-Skarbowego w Przemyślu w przedmiocie niewypłacenia w ustawowym terminie nadpłaty podatku od towarów i usług oddala skargę.

Przedmiotem skargi S. S.A. w W.(dalej: "skarżąca", "spółka") jest bezczynność Naczelnika Podkarpackiego Urzędu Celno-Skarbowego w Przemyślu polegająca na niewypłaceniu w terminie nadpłaty w podatku od towarów i usług. Jak wynika z treści skargi Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie prawomocnym wyrokiem z dnia 28 sierpnia 2025 r., sygn. akt SA/Rz 17/25 uchylił decyzję Naczelnika Podkarpackiego Urzędu Celno-Skarbowego w Przemyślu z dnia 31 października 2024 r. nr 408000-CZC4.4103.14.2024 utrzymującą w mocy decyzję tego organu z dnia 2 listopada 2022 r. nr 408000-408000-CKK-1.4.4103.3.2021 w zakresie rozliczenia spółki w podatku od towarów i usług za okres od lipca do września 2019 r. W rezultacie uchylenia przez Sąd decyzji Naczelnika Podkarpackiego Urzędu Celno-Skarbowego w Przemyślu z dnia 31 października 2024 r. organ ten wydał decyzję dnia 3 grudnia 2025 r. nr 408000-CZC4.4103.6.2025, którą uchylił w całości swoją decyzję z dnia 2 listopada 2022 r. W tej nowej decyzji organ określił rozliczenie podatku VAT odmiennie niż w decyzji pierwotnej. W szczególności utrzymano wykazane przez spółkę kwoty zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za lipiec 2019 r. oraz w znacznej części za sierpień i wrzesień 2019 r., a dodatkowe zobowiązanie podatkowe z art. 112b ustawy VAT zostało ograniczone do kwoty [...] zł. Różnica pomiędzy rozliczeniem wynikającym z decyzji z dnia 2 listopada 2022 r. a decyzją z dnia 3 grudnia 2025 r. doprowadziła do powstania po stronie spółki nadpłaty w łącznej kwocie [...] zł. Kwota ta obejmuje zarówno eliminację zobowiązań podatkowych określonych uprzednio w wysokości [...] zł, przywrócenie prawa do zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w łącznej wysokości [...] zł, jak również różnicę w zakresie sankcji z art. 112b ustawy VAT pomiędzy decyzją z dnia 2 grudnia 2022 r. a decyzją z dnia 3 grudnia 2025 r. Z informacji przekazanych spółce przez Naczelnika Drugiego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w Warszawie wynika, że organ dokonał częściowego rozliczenia poprzez zaliczenie kwoty około [...] zł na bieżące zobowiązania podatkowe spółki z tytułu VAT oraz PIT-4, a także przekazał na rachunek bankowy spółki kwotę [...] zł. Łącznie rozliczona została kwota [...] zł. Do dnia wniesienia skargi nie została wypłacona kwota [...] zł, stanowiąca pozostałą część nadpłaty ani należne odsetki od tej kwoty (których wartość na dzień 21 stycznia 2026 r. należy określić na kwotę [...] zł). Spółka wnosiła ponaglenie do Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Rzeszowie na podstawie art. 141 § 1 Ordynacji podatkowej, wskazując, że brak pełnego wykonania obowiązku zwrotu nadpłaty w ustawowym terminie stanowi rażące naruszenie art. 77 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej. W treści ponaglenia podniesiono, że organ nie wywiązał się z obowiązku wynikającego z decyzji wydanej w wykonaniu prawomocnego wyroku sądu, nie dokonał pełnego rozliczenia kwoty [...] zł oraz nie wypłacił należnych odsetek, których wysokość na dzień 21 stycznia 2026 r. wynosi [...] zł. Pomimo wniesienia ponaglenia organ nie usunął stanu naruszenia prawa i nie dokonał pełnego zwrotu należnych środków. W konsekwencji utrzymuje się w tej kwestii stan bezczynności. W związku z tym spółka w skardze zawarła wniosek o: 1. stwierdzenie, że organ dopuścił się bezczynności, 2. zobowiązanie organu do dokonania niezwłocznego zwrotu brakującej kwoty [...] zł wraz z należnymi odsetkami, 3. stwierdzenie, że bezczynność miała miejsce z rażącym naruszeniem prawa, 4. zasądzenie kosztów postępowania według norm przepisanych. W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie wskazując, że nie dopuścił się bezczynności ponieważ nie jest uprawniony do realizacji zadań związanych z poborem podatków. Zadania te należą do właściwego naczelnika urzędu skarbowego. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie zważył, co następuje: Zgodnie z 1 § 1 i 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. z 2024 r., poz. 1267 ze zm.), sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej, a kontrola ta - jeżeli ustawy nie stanowią inaczej - sprawowana jest pod względem zgodności z prawem. Zadaniem sądu administracyjnego jest zbadanie prawidłowości zastosowania przez organy administracji przepisów obowiązującego prawa, zarówno prawa materialnego, jak też przepisów postępowania. Uwzględnienie skargi następuje w przypadku stwierdzenia przez sąd naruszenia przepisów prawa materialnego, jeżeli miało ono wpływ na wynik sprawy lub naruszenia przepisów prawa procesowego, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy, a także dające podstawę do wznowienia postępowania - art. 145 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2026 r., poz. 143 ze zm. - dalej: p.p.s.a.). Rozpatrując sprawę w wyżej zakreślonych granicach Sąd stwierdził, że skarga nie zasługuje na uwzględnienie, a sformułowane w niej zarzuty okazały się nietrafne. W pierwszej kolejności przypomnieć należy, że z dniem 1 marca 2017 r. weszła w życie reforma struktury administracji skarbowej, która na mocy ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz. U. z 2016 r., poz. 1948 ze zm.) wprowadziła Krajową Administrację Skarbową. W jej wyniku doszło do konsolidacji administracji podatkowej, kontroli skarbowej i Służby Celnej, co wiązało się także z koniecznością dokonania istotnych zmian w strukturze i organizacji organów oraz ich właściwości. W ramach tej reformy zlikwidowano organy kontroli skarbowej, a ich kompetencje zasadniczo przejęły urzędy celno-skarbowe. Ustawa o KAS szczegółowo reguluje zadania zarówno naczelników urzędów skarbowych jak i naczelników urzędów celno-skarbowych. Zgodnie z art. 28 ust. 1 tej ustawy do zadań naczelnika urzędu skarbowego należy m.in. ustalanie, określanie, pobór podatków, opłat i niepodatkowych należności budżetowych oraz innych należności na podstawie odrębnych przepisów (pkt 1); pobór należności celnych oraz innych opłat, związanych z przywozem i wywozem towarów (pkt 2); wykonywanie zadań wierzyciela należności pieniężnych (pkt 3); wykonywanie egzekucji administracyjnej należności pieniężnych oraz wykonywanie zabezpieczenia należności pieniężnych (pkt 4) oraz pozostałe nie mające znaczenia w niniejszej sprawie. Zgodnie zaś z art. 33 ust. 1 ustawy o KAS do zadań naczelnika urzędu celno-skarbowego należy: wykonywanie kontroli celno-skarbowej, z wyłączeniem kontroli, o której mowa w art. 54 ust. 2 pkt 9 (pkt 1); ustalanie i określanie podatków, opłat i niepodatkowych należności budżetowych oraz innych należności na podstawie odrębnych przepisów (pkt 2) oraz pozostałe nie mające znaczenia w niniejszej sprawie. Zgodnie z art. 15 § 1 Ordynacji podatkowej organy podatkowe przestrzegają z urzędu swojej właściwości rzeczowej i miejscowej. Art. 15 § 2 tej ustawy stanowi zaś, że właściwość rzeczowa i miejscowa jest ustalana z uwzględnieniem również zakresu zadań i terytorialnego zasięgu działania organów podatkowych, określonych na podstawie odrębnych przepisów. Zatem organ podatkowy jest zobowiązany do przestrzegania z urzędu swojej właściwości, co stanowi realizację procesowych gwarancji rozpoznania i rozstrzygnięcia konkretnej sprawy podatkowej przez właściwy organ podatkowy. Ustalanie przez organ podatkowy właściwości, o której mowa w ww. przepisie przez jej domniemanie albo wywodzenie przez analogię jest nie do pogodzenia z zasadą legalizmu wyrażoną w art. 120 Ordynacji podatkowej (K. Teszner [w:] Ordynacja podatkowa. Tom I. Zobowiązania podatkowe. Art. 1-119zzk. Komentarz aktualizowany, red. L. Etel, LEX/el. 2023, art. 15; zob. wyrok NSA z dnia 9 grudnia 2020 r., II FSK 1598/20). Biorąc pod uwagę wskazaną właściwość organów słuszne jest stanowisko Naczelnika Podkarpackiego Urzędu-Celno Skarbowego w Przemyślu, że to do zadań naczelnika urzędu skarbowego należy pobór podatków, opłat i innych należności. Zatem Naczelnik Podkarpackiego Urzędu-Celno Skarbowego w Przemyślu nie mógł pozostawać w bezczynności czy też opieszałości przy dokonaniu rozliczenia podatku wynikającego z jego decyzji z dnia 3 grudnia 2025 r., skoro nie jest uprawniony do realizacji tych zadań. W związku z powyższym Sąd, na podstawie art. 151 p.p.s.a., oddalił skargę jako niezasadną.